La llegada de Marcos Rojo a Estudiantes de La Plata sufrió un duro revés luego de que Diego Milito, presidente de Racing, rechazara la posibilidad de liberar al defensor en este mercado de pases. El Pincha había avanzado con firmeza para incorporar al experimentado marcador central, con la intención de reforzar su plantel de cara a las semifinales de la Copa Libertadores, donde deberá enfrentarse a Flamengo. La necesidad de sumar variantes en la defensa se intensificó debido a las suspensiones de González Pirez y Palacios, quienes no estarán disponibles para el encuentro de ida.
Después de la eliminación de Racing ante Boca en la Copa Argentina, Estudiantes aceleró las negociaciones y consiguió llegar a un acuerdo con el propio futbolista. La institución platense también presentó una propuesta económica de 1,3 millones de dólares, sujeta al cumplimiento de determinados objetivos. En un primer momento, Sebastián Saja y otros integrantes de la dirigencia académica consideraron que aceptar la oferta podía resultar conveniente, ya que permitiría obtener un ingreso por un jugador cuyo contrato finalizará en diciembre, cuando podría marcharse con el pase en su poder.
Sin embargo, la operación encontró un obstáculo definitivo en la postura de Diego Milito, quien se opuso terminantemente a la salida anticipada del defensor. La negativa del presidente generó un fuerte conflicto con Rojo, que manifestó su intención de abandonar la Academia para incorporarse al equipo dirigido por Eduardo Domínguez. En medio de las negociaciones, el zaguero dejó de presentarse a los entrenamientos, luego de que inicialmente se mencionara un edema óseo como motivo de su ausencia. Su decisión fue interpretada como una medida de presión para conseguir que Racing aceptara su salida.
La situación también derivó en una acalorada discusión entre Milito y Rojo, durante la cual el futbolista intentó convencer al máximo dirigente de que le permitiera regresar a Estudiantes para disputar la instancia decisiva del certamen continental. Pese a los intentos del defensor y a la predisposición de parte de la dirigencia para concretar la transferencia, el presidente de Racing mantuvo su postura y bloqueó la operación. De esta manera, todo indica que Rojo continuará en Avellaneda hasta diciembre, cuando finalizará su vínculo y tendrá la posibilidad de marcharse en condición de libre, mientras el Pincha deberá buscar alternativas para reforzar su defensa de cara a la semifinal frente a Flamengo.